養殖場產生的糞污排放造成地表水、地下水、土壤和環境空氣的嚴重污染， 直接影響了人們的身體健康，而未經處理的糞污中含有大量污染物質， 若此種有機廢水直接排入或隨雨水沖刷進入江河湖庫，大量消耗水體中的溶解氧，使水體變黑發臭，造成水體污染。
糞污水中含有大量的n、p 等營養物是造成水體富營養化的重要原因之一， 排入魚塘及河流使對有機物污染敏感的水生生物逐漸死亡， 嚴重者導致魚塘及河流喪失使用功能。
根據養殖廢水高生化性的特點，生化處理技術越來越多的出現在了養殖廢水處理中，生化處理根據其工作原理的不同可以分為：厭氧生化處理、好氧生化處理和自然處理法。
①厭氧生化處理
厭氧生物處理技術即為在厭氧狀態下，污水中的有機物被厭氧細菌分解、代謝、消化，使得污水中的有機物含量大幅減少，同時產生沼氣的一種高效的污水處理方式。在厭氧處理過程中，廢水中的有機物經大量微生物的共同作用，被最終轉化為甲烷、二氧化碳、水、硫化氫和氨等。
常用的方法有：混合式厭氧消化器(CSTR)、厭氧接觸反應器、厭氧濾池(AF)、上流式厭氧污泥床(UASB)、厭氧流化床(AFB)、升流式固體反應器(USR)等。目前國內養殖場廢水處理主要采用的是上流式厭氧污泥床及升流式固體反應器工藝。
②好氧生化處理
好氧處理的基本原理是利用微生物在好氧條件下分解有機物，同時合成自身細胞(活性污泥)。在好氧處理中，可生物降解的有機物最終可被氧化為簡單的無機物。
